剪辑丨王多鱼

排版丨水成文

ENCODE 探讨揭示了东谈主类基因组跨越 80% 的基因组区域大概转录产生“暗物资”之称的 RNA。凭据 RNA 的 5' 端是否具有帽子修饰结构，这些不错被分为两大类：1）帽子结构的（capped RNA，capRNA）；2）非帽 RNA（noncapped RNA，napRNA）。除 mRNA 和部分长非编码外，其余委果悉数均属于 napRNA。

这些 napRNA 不仅通过当作非编码 RNA（ncRNA）调控多种生物学过程，还当作加工产品分解特定的 RNA 生物生成过程。然而，由于其长度异质性、结尾修饰各种性以及复杂的二级结构等，武断这些 napRNA 濒临遍及挑战。

为派遣这一挑战，中山大学人命科学学院杨建华/李斌/屈良鹄讲授团队拓荒了NAP-seq工夫，并于 2025 年 9 月 17 日在Nature Protocols期刊发表了题为：NAP-seq for full-length noncapped RNA sequencing 的论文，系统先容了该要领的设想旨趣与推行设施。

图1. NAP-seq的设想旨趣和推行设施

NAP-seq 工夫具有以下权贵上风（图2）：

1）大范畴新发现：在东谈主类和小鼠中，差异武断出跨越 16000 条 和 9500 条新的 napRNA，展现出远超传统要领的发现材干。

2）单核苷酸分辨率的全面 napRNA 分析: 定制化决策序列大概同期拿获 napRNA 的两头，从而在单核苷酸分辨率下分解全长序列，并发现具有特征性结尾基序和结构元件的 napRNA。

3）高效检测修饰 RNA 与复杂结构 RNA：T4 PNK 和 SuperScript IV 逆转录酶的使用，使 NAP-seq 大概检测多种 RNA 修饰和高度安详的二级结构RNA。

4）富集低品貌 napRNA：通过基于 RNase H 的去除政策，有用去除高品貌的 rRNA、snoRNA 偏激他 ncRNA，去除成果可达 99.9%，从而权贵提崎岖抒发 napRNA 的发现率。

5）确保全长 cDNA 合成：巢式逆转录引物设想保证了长链 napRNA 的全长 cDNA 扩增，并最猛进程减少作假引物激勉的伪影。

6）拓展 napRNA 眷属的检测范围: 在建库前建造的片断大小采选（≥100 nt），使 NAP-seq 大概识别数千条被传统小 RNA 测序忽略的长 napRNA（≥100 nt），包括 C/D box RNA、H/ACA box RNA 以及 Pol III 转录 RNA 的新亚类，序列长度可达约 2000 nt。

7) 精详情量与减少偏倚：在决策中引入条形码，有助于排斥 PCR 扩增偏倚，并减少因结尾联结成果各异导致的序列特异性偏差，结束对 napRNA 的更精确定量。

8) 双平台整合：NAP-seq 结合 Oxford Nanopore 测序（NAP-seq-TGS） 与 Illumina 测序（NAP-seq-NGS）的上风，前者结束及时、奏凯的全长分子分析，后者提供碱基水平的高精度短读长序列。谋划东谈主员可凭据不协谋划需求寂寞或连合使用两类工夫，取得更全面的 napRNA 特征信息。

9) 高效专揽样本：相较于 TERA-seq 等全长 RNA 测序要领至少需 75 μg RNA，且仅限 ONT 平台，NAP-seq 仅需 1 μg RNA 即可完成建库，极大拓展了其在有限样本谋划中的适用性。

10) 经过化的规划机分析：配套拓荒 cutAdapter、napSeeker 等软件与分析经过，大概快速发现并留意多类型 napRNA。

图2. NAP-seq的工夫亮点

NAP-seq 还展现出浅近的新应用远景：

1） 临床样本和体液分析：通过检测临床样本及体液（如血浆）中的 napRNA，NAP-seq 可助力发现新式疾病秀雅物和调治靶点，为精确医学提供新机遇。

2）顶点环境微生物谋划：NAP-seq 可用于武断顶点环境中微生物的各种化 napRNA，揭示新式驻扎系统及私有生物学机制，为微生物群落谋划开辟新目的。

3） RNA 结尾加工机制分解：NAP-seq 大概系统表征非帽RNA的结尾加工过程，揭示调控 RNA 安详性、加工及功能的未知机制，为 RNA 生物学谋划提供新视角。

综上，NAP-seq 当作一种多功能、高精度的测序工夫，不仅适用于武断任何细胞模子、组织和物种中的调控型 napRNA，还为揭示复杂 RNA 调控路线提供了强劲器具，在基础生物学和临床谋划边界具有繁多的应用后劲。

中山大学人命科学学院杨建华讲授、李斌副讲授和屈良鹄讲授为论文通信作家，中山大学人命科学学院刘树榕特聘副谋划员为论文第一作家，该责任得到推行室其他成员的讲理复旧。

论文联结：

https://www.nature.com/articles/s41596-025-01261-6